Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr3:113657263	TTGCTGC TTGCTGC	T T	3	a0003 a0008 a0020 a0003 a0008 a0020	48	HG00280.hp1 HG00558.hp1 HG00621.hp2 others(45): Show HG00280.hp1 HG00558.hp1 HG00621.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp2 HG01891.hp2 HG02040.hp2 HG02135.hp1 HG02486.hp1 HG02622.hp2 HG02698.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02897.hp1 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp2 HG03471.hp1 HG03579.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp2 NA18522.hp1 NA18612.hp2 NA18948.hp1 NA18950.hp1 NA18955.hp2 NA18963.hp2 NA18966.hp2 NA18967.hp1 NA18971.hp1 NA18975.hp1 NA18980.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp1 NA18995.hp2 NA18998.hp2 NA18999.hp2 NA19000.hp2 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19043.hp1 NA19058.hp2 NA19066.hp1 NA20300.hp1	disruptive_inframe_deletion	MODERATE	c.4413_4418delGCAGCA c.4413_4418delGCAGCA	p.Gln1472_Gln1473del p.Gln1472_Gln1473del	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	4825/13704	4413/6738	1471/2245	chr3	113657263
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chr3:113657263	TTGCTGCT others(11): Show TTGCTGCTGCTGCTGCTGC	T T	1	a0014 a0014	1	HG02976.hp2 HG02976.hp2	disruptive_inframe_deletion	MODERATE	c.4401_4418delGCAGCA others(12): Show c.4401_4418delGCAGCAGCAGCAGCAGCA	p.Gln1468_Gln1473del p.Gln1468_Gln1473del	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	4825/13704	4401/6738	1467/2245	chr3	113657263
chr3:113657495	T T	C C	1	a0013 a0013	1	HG02572.hp1 HG02572.hp1	missense_variant	MODERATE	c.4187A>G c.4187A>G	p.Asp1396Gly p.Asp1396Gly	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	4594/13704	4187/6738	1396/2245	chr3	113657495
chr3:113658854	A A	C C	1	a0009 a0009	3	HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02717.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp2 HG02717.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2828T>G c.2828T>G	p.Val943Gly p.Val943Gly	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	3235/13704	2828/6738	943/2245	chr3	113658854
chr3:113659070	C C	T T	1	a0008 a0008	3	HG01891.hp2 HG02886.hp2 NA18522.hp1 HG01891.hp2 HG02886.hp2 NA18522.hp1	missense_variant	MODERATE	c.2612G>A c.2612G>A	p.Ser871Asn p.Ser871Asn	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	3019/13704	2612/6738	871/2245	chr3	113659070
chr3:113659707	G G	C C	1	a0011 a0011	2	HG02109.hp1 HG03139.hp1 HG02109.hp1 HG03139.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1975C>G c.1975C>G	p.Gln659Glu p.Gln659Glu	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	2382/13704	1975/6738	659/2245	chr3	113659707
chr3:113660202	C C	T T	1	a0012 a0012	1	HG00438.hp1 HG00438.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1480G>A c.1480G>A	p.Val494Ile p.Val494Ile	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	1887/13704	1480/6738	494/2245	chr3	113660202
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chr3:113660873	G G	A A	1	a0014 a0014	1	HG02976.hp2 HG02976.hp2	missense_variant	MODERATE	c.809C>T c.809C>T	p.Ser270Phe p.Ser270Phe	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	1216/13704	809/6738	270/2245	chr3	113660873
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chr3:113661198	C C	T T	1	a0019 a0019	1	HG04204.hp1 HG04204.hp1	missense_variant	MODERATE	c.484G>A c.484G>A	p.Gly162Arg p.Gly162Arg	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	891/13704	484/6738	162/2245	chr3	113661198
chr3:113673374	T T	C C	1	a0016 a0016	1	HG03540.hp1 HG03540.hp1	missense_variant&splice_region_variant	MODERATE	c.50A>G c.50A>G	p.Lys17Arg p.Lys17Arg	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	4/7	457/13704	50/6738	17/2245	chr3	113673374

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chr3:113655103	C C	T T	1	a0001c0029 a0001c0029	1	HG01106.hp2 HG01106.hp2	synonymous_variant	LOW	c.6579G>A c.6579G>A	p.Leu2193Leu p.Leu2193Leu	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6986/13704	6579/6738	2193/2245	chr3	113655103
chr3:113655250	G G	A A	1	a0005c0008 a0005c0008	7	HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 others(4): Show HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 HG02300.hp1 NA18962.hp2 NA18969.hp2 NA19012.hp2	synonymous_variant	LOW	c.6432C>T c.6432C>T	p.Asn2144Asn p.Asn2144Asn	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6839/13704	6432/6738	2144/2245	chr3	113655250
chr3:113655598	T T	C C	1	a0008c0022 a0008c0022	1	NA18522.hp1 NA18522.hp1	synonymous_variant	LOW	c.6084A>G c.6084A>G	p.Gln2028Gln p.Gln2028Gln	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6491/13704	6084/6738	2028/2245	chr3	113655598
chr3:113655799	G G	A A	1	a0005c0008 a0005c0008	7	HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 others(4): Show HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 HG02300.hp1 NA18962.hp2 NA18969.hp2 NA19012.hp2	synonymous_variant	LOW	c.5883C>T c.5883C>T	p.Gly1961Gly p.Gly1961Gly	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6290/13704	5883/6738	1961/2245	chr3	113655799
chr3:113656819	T T	C C	1	a0001c0030 a0001c0030	1	NA18941.hp1 NA18941.hp1	synonymous_variant	LOW	c.4863A>G c.4863A>G	p.Val1621Val p.Val1621Val	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	5270/13704	4863/6738	1621/2245	chr3	113656819
chr3:113657929	G G	A A	1	a0004c0017 a0004c0017	2	HG02818.hp1 HG03471.hp2 HG02818.hp1 HG03471.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3753C>T c.3753C>T	p.Ser1251Ser p.Ser1251Ser	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	4160/13704	3753/6738	1251/2245	chr3	113657929
chr3:113658514	A A	G G	11	a0002c0003 a0003c0005 a0003c0024 others(8): Show a0002c0003 a0003c0005 a0003c0024 a0005c0007 a0005c0008 a0005c0023 a0008c0015 a0008c0022 a0010c0013 a0012c0034 a0017c0035	108	HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp2 others(105): Show HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp2 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01099.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01515.hp1 HG01517.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02055.hp1 HG02071.hp1 HG02129.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp1 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02683.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG02897.hp2 HG02922.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 HG03041.hp1 HG03098.hp1 HG03130.hp1 HG03130.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03453.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03516.hp2 HG03579.hp1 HG03688.hp1 HG04115.hp2 HG04204.hp2 NA18522.hp1 NA18747.hp1 NA18906.hp2 NA18942.hp2 NA18948.hp2 NA18959.hp2 NA18962.hp1 NA18962.hp2 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18969.hp2 NA18972.hp2 NA18978.hp1 NA18979.hp1 NA18984.hp2 NA18985.hp2 NA18991.hp1 NA18993.hp1 NA19001.hp2 NA19007.hp1 NA19011.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19058.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp1 NA19066.hp2 NA19067.hp2 NA19068.hp2 NA19074.hp2 NA19081.hp1 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA19090.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3168T>C c.3168T>C	p.Asn1056Asn p.Asn1056Asn	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	3575/13704	3168/6738	1056/2245	chr3	113658514
chr3:113658658	T T	G G	4	a0001c0002 a0001c0029 a0001c0030 others(1): Show a0001c0002 a0001c0029 a0001c0030 a0004c0031	73	HG00280.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 others(70): Show HG00280.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00621.hp1 HG00673.hp2 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01099.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01123.hp1 HG01255.hp2 HG01358.hp2 HG01943.hp2 HG01993.hp1 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02056.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02132.hp2 HG02273.hp2 HG02683.hp2 HG03017.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp1 HG04199.hp1 NA18612.hp1 NA18747.hp2 NA18941.hp1 NA18941.hp2 NA18944.hp1 NA18949.hp1 NA18950.hp2 NA18951.hp2 NA18955.hp1 NA18959.hp1 NA18960.hp2 NA18963.hp1 NA18967.hp2 NA18968.hp2 NA18969.hp1 NA18971.hp2 NA18975.hp2 NA18977.hp2 NA18979.hp2 NA18981.hp2 NA18984.hp1 NA18985.hp1 NA18993.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp1 NA19003.hp2 NA19005.hp1 NA19007.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp1 NA19063.hp2 NA19064.hp2 NA19067.hp1 NA19070.hp2 NA19072.hp2 NA19082.hp2 NA19087.hp2 NA19090.hp1 NA20905.hp2	synonymous_variant	LOW	c.3024A>C c.3024A>C	p.Leu1008Leu p.Leu1008Leu	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	3431/13704	3024/6738	1008/2245	chr3	113658658
chr3:113659249	C C	T T	1	a0003c0021 a0003c0021	1	HG03942.hp2 HG03942.hp2	synonymous_variant	LOW	c.2433G>A c.2433G>A	p.Ala811Ala p.Ala811Ala	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	2840/13704	2433/6738	811/2245	chr3	113659249
chr3:113659594	G G	A A	2	a0004c0011 a0006c0032 a0004c0011 a0006c0032	5	HG01261.hp2 HG02004.hp1 HG02056.hp2 others(2): Show HG01261.hp2 HG02004.hp1 HG02056.hp2 HG02135.hp2 HG02523.hp1	synonymous_variant	LOW	c.2088C>T c.2088C>T	p.Ser696Ser p.Ser696Ser	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	2495/13704	2088/6738	696/2245	chr3	113659594
chr3:113659747	C C	T T	1	a0001c0014 a0001c0014	2	HG02976.hp1 HG03516.hp1 HG02976.hp1 HG03516.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1935G>A c.1935G>A	p.Ala645Ala p.Ala645Ala	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	2342/13704	1935/6738	645/2245	chr3	113659747
chr3:113661385	G G	A A	1	a0005c0008 a0005c0008	7	HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 others(4): Show HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 HG02300.hp1 NA18962.hp2 NA18969.hp2 NA19012.hp2	synonymous_variant	LOW	c.297C>T c.297C>T	p.Ile99Ile p.Ile99Ile	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	704/13704	297/6738	99/2245	chr3	113661385
chr3:113664374	A A	G G	1	a0005c0008 a0005c0008	7	HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 others(4): Show HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG02148.hp2 HG02300.hp1 NA18962.hp2 NA18969.hp2 NA19012.hp2	synonymous_variant	LOW	c.195T>C c.195T>C	p.Tyr65Tyr p.Tyr65Tyr	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	6/7	602/13704	195/6738	65/2245	chr3	113664374

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chr3:113648476	A A	G G	1	a0005c0008t0050 a0005c0008t0050	1	HG01934.hp1 HG01934.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6468T>C c.6468T>C	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6468	chr3	113648476
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chr3:113648532	C C	A A	1	a0001c0002t0065 a0001c0002t0065	1	NA19090.hp1 NA19090.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6412G>T c.6412G>T	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6412	chr3	113648532
chr3:113648639	A A	G G	1	a0002c0003t0044 a0002c0003t0044	1	NA19067.hp2 NA19067.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.6305T>C c.6305T>C	USF3	ENSG00000176542.10	transcript	ENST00000316407.9	protein_coding	7/7	6305	chr3	113648639
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USF3_chr3_113643385_113701642 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 20)

Coding Level Haplotype Info (Total: 36)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 108)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 298)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 342)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 24)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 14)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 92)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 333)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)