Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr18:9953650	A A	G G	1	a0001c0001t0002g0247 a0001c0001t0002g0247	1	HG02257.hp1 HG02257.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.592-403A>G c.592-403A>G	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953650
chr18:9953680	T T	G G	1	a0001c0001t0023g0186 a0001c0001t0023g0186	1	HG03041.hp1 HG03041.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.592-373T>G c.592-373T>G	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953680
chr18:9953725	T T	C C	2	a0001c0001t0006g0015 a0001c0001t0080g0015 a0001c0001t0006g0015 a0001c0001t0080g0015	2	NA18960.hp1 NA18962.hp2 NA18960.hp1 NA18962.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.592-328T>C c.592-328T>C	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953725
chr18:9953754	C C	A A	2	a0001c0001t0006g0241 a0001c0001t0013g0173 a0001c0001t0006g0241 a0001c0001t0013g0173	2	HG01106.hp2 HG03540.hp1 HG01106.hp2 HG03540.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.592-299C>A c.592-299C>A	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953754
chr18:9953910	T T	C C	2	a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027	4	NA18940.hp2 NA18962.hp1 NA19010.hp1 others(1): Show NA18940.hp2 NA18962.hp1 NA19010.hp1 NA19082.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.592-143T>C c.592-143T>C	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953910
chr18:9953972	G G	A A	1	a0001c0001t0003g0142 a0001c0001t0003g0142	1	HG02300.hp2 HG02300.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.592-81G>A c.592-81G>A	VAPA	ENSG00000101558.14	transcript	ENST00000400000.7	protein_coding	5/5		chr18	9953972

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VAPA_chr18_9909016_9965021 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 2)

Coding Level Haplotype Info (Total: 6)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 113)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 347)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 386)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 1)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 4)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 87)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 501)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)