Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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NA18955	hp2	a0001	c0001	t0066	g0009	EAS	JPT	WNT2B_chr1_112503965_112535165	WNT2B	chr1	112503965	112535165
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NA20300	hp2	a0001	c0002	t0001	g0030	AFR	USA	WNT2B_chr1_112503965_112535165	WNT2B	chr1	112503965	112535165
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chr1:112514993	G G	A A	1	a0002 a0002	2	NA18747.hp2 NA19065.hp1 NA18747.hp2 NA19065.hp1	missense_variant	MODERATE	c.302G>A c.302G>A	p.Arg101Gln p.Arg101Gln	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	2/5	600/11130	302/1176	101/391	chr1	112514993
chr1:112515086	T T	C C	1	a0003 a0003	1	HG02622.hp1 HG02622.hp1	missense_variant	MODERATE	c.395T>C c.395T>C	p.Met132Thr p.Met132Thr	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	2/5	693/11130	395/1176	132/391	chr1	112515086
chr1:112530163	G G	A A	1	a0001 a0001	1	HG02080.hp1 HG02080.hp1	splice_region_variant	LOW	c.9654G>A c.9654G>A		WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	5/5				chr1	112530163

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chr1:112517171	T T	C C	1	a0001c0003 a0001c0003	11	HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 others(8): Show HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03579.hp1 NA18522.hp1	synonymous_variant	LOW	c.732T>C c.732T>C	p.Gly244Gly p.Gly244Gly	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	4/5	1030/11130	732/1176	244/391	chr1	112517171
chr1:112517270	C C	T T	1	a0001c0007 a0001c0007	1	NA19083.hp2 NA19083.hp2	synonymous_variant	LOW	c.831C>T c.831C>T	p.Ala277Ala p.Ala277Ala	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	4/5	1129/11130	831/1176	277/391	chr1	112517270
chr1:112520473	A A	G G	1	a0001c0003 a0001c0003	11	HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 others(8): Show HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03579.hp1 NA18522.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1140A>G c.1140A>G	p.Lys380Lys p.Lys380Lys	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	5/5	1438/11130	1140/1176	380/391	chr1	112520473
chr1:112520503	A A	G G	5	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0007 a0002c0004 a0003c0006	222	HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 others(219): Show HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp2 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp2 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01981.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02698.hp2 HG02738.hp1 HG02738.hp2 HG02818.hp1 HG02818.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp2 HG02922.hp1 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03579.hp1 HG03710.hp2 HG03927.hp1 HG04115.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18942.hp2 NA18943.hp2 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18950.hp2 NA18951.hp2 NA18952.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18955.hp2 NA18956.hp1 NA18961.hp1 NA18962.hp2 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18964.hp1 NA18964.hp2 NA18965.hp1 NA18965.hp2 NA18967.hp2 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18969.hp2 NA18971.hp1 NA18972.hp2 NA18975.hp2 NA18977.hp1 NA18977.hp2 NA18978.hp1 NA18978.hp2 NA18979.hp1 NA18979.hp2 NA18981.hp1 NA18984.hp1 NA18984.hp2 NA18985.hp1 NA18985.hp2 NA18986.hp1 NA18986.hp2 NA18987.hp1 NA18987.hp2 NA18990.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp2 NA18992.hp2 NA18993.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp1 NA18997.hp2 NA18998.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19001.hp2 NA19004.hp1 NA19007.hp1 NA19009.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp2 NA19012.hp2 NA19054.hp1 NA19054.hp2 NA19056.hp2 NA19057.hp1 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19062.hp2 NA19064.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19066.hp2 NA19068.hp1 NA19068.hp2 NA19070.hp2 NA19072.hp2 NA19074.hp1 NA19075.hp1 NA19075.hp2 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19080.hp1 NA19080.hp2 NA19081.hp2 NA19083.hp2 NA19085.hp1 NA19086.hp2 NA19088.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA19091.hp2 NA19240.hp1 NA19240.hp2 NA20300.hp1 NA20752.hp2 NA20805.hp1 NA21309.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1170A>G c.1170A>G	p.Gln390Gln p.Gln390Gln	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	5/5	1468/11130	1170/1176	390/391	chr1	112520503

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chr1:112520157	T T	C C	1	a0001c0002t0001g0087 a0001c0002t0001g0087	1	HG02647.hp2 HG02647.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.947-123T>C c.947-123T>C	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	4/4		chr1	112520157
chr1:112520201	C C	T T	6	a0001c0003t0012g0012 a0001c0003t0030g0040 a0001c0003t0030g0076 others(3): Show a0001c0003t0012g0012 a0001c0003t0030g0040 a0001c0003t0030g0076 a0001c0003t0055g0068 a0001c0003t0056g0098 a0001c0003t0057g0040	11	HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 others(8): Show HG02055.hp1 HG02451.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp2 HG03041.hp1 HG03471.hp1 HG03486.hp1 HG03579.hp1 NA18522.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.947-79C>T c.947-79C>T	WNT2B	ENSG00000134245.18	transcript	ENST00000369684.5	protein_coding	4/4		chr1	112520201

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WNT2B_chr1_112503965_112535165 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 4)

Coding Level Haplotype Info (Total: 7)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 108)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 211)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 404)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 4)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 4)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 105)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 137)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)