Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr19:2881449	C C	T T	6	a0002c0002t0052 a0002c0002t0191 a0002c0002t0192 others(3): Show a0002c0002t0052 a0002c0002t0191 a0002c0002t0192 a0002c0002t0200 a0002c0002t0201 a0002c0002t0216	7	HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02615.hp1 others(4): Show HG01891.hp1 HG02109.hp2 HG02615.hp1 HG02965.hp2 HG03195.hp1 HG03579.hp2 NA19240.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3120C>T c.3120C>T	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3120		chr19	2881449
chr19:2881450	G G	A A	6	a0001c0001t0070 a0001c0001t0129 a0001c0001t0130 others(3): Show a0001c0001t0070 a0001c0001t0129 a0001c0001t0130 a0001c0001t0148 a0010c0011t0193 a0010c0011t0194	6	HG02257.hp1 HG02559.hp1 HG02622.hp2 others(3): Show HG02257.hp1 HG02559.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG03453.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3121G>A c.3121G>A	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3121		chr19	2881450
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chr19:2881496	G G	A A	1	a0001c0001t0092 a0001c0001t0092	1	HG02280.hp1 HG02280.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3167G>A c.3167G>A	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3167		chr19	2881496
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chr19:2881534	G G	A A	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3205G>A c.3205G>A	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3205		chr19	2881534
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chr19:2881636	A A	C C	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3307A>C c.3307A>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3307		chr19	2881636
chr19:2881747	A A	G G	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3418A>G c.3418A>G	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3418		chr19	2881747
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chr19:2881865	C C	T T	2	a0004c0004t0137 a0004c0004t0138 a0004c0004t0137 a0004c0004t0138	2	HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3536C>T c.3536C>T	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3536		chr19	2881865
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chr19:2881986	T T	C C	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3657T>C c.3657T>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3657		chr19	2881986
chr19:2882017	T T	C C	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3688T>C c.3688T>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3688		chr19	2882017
chr19:2882101	G G	C C	2	a0001c0001t0139 a0006c0017t0140 a0001c0001t0139 a0006c0017t0140	2	HG03209.hp2 NA18906.hp2 HG03209.hp2 NA18906.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.3772G>C c.3772G>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	4/4	3772		chr19	2882101
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chr19:2877120	G G	C C	1	a0001c0001t0035g0067 a0001c0001t0035g0067	1	HG02258.hp2 HG02258.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.315-153G>C c.315-153G>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	3/3		chr19	2877120
chr19:2877134	T T	C C	3	a0005c0005t0210g0254 a0005c0005t0211g0104 a0005c0005t0212g0248 a0005c0005t0210g0254 a0005c0005t0211g0104 a0005c0005t0212g0248	3	HG02145.hp1 NA18522.hp2 NA19240.hp2 HG02145.hp1 NA18522.hp2 NA19240.hp2	intron_variant	MODIFIER	c.315-139T>C c.315-139T>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	3/3		chr19	2877134
chr19:2877161	G G	C C	1	a0001c0001t0148g0226 a0001c0001t0148g0226	1	HG02630.hp1 HG02630.hp1	intron_variant	MODIFIER	c.315-112G>C c.315-112G>C	ZNF556	ENSG00000172000.7	transcript	ENST00000307635.3	protein_coding	3/3		chr19	2877161

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ZNF556_chr19_2862335_2888445 Genic Haplotype Structure on iGV

Translation Multiple Alignment View

Gene Summary (with MANE)

Amino acid(protein) Level Haplotype Info (Total: 13)

Coding Level Haplotype Info (Total: 20)

Transcript Level Haplotype Info (Total: 225)

Genebody Level Haplotype Info (Total: 378)

Haplotype Details by Sample (Haploid Level) (Total: 448)

Amino acid(protein) Level Haplotype Related Variants (Effect to Protein Coding Variants) (Total: 13)

Coding Level Variants (On coding region but no effect to protein coding variants: Synonymous Mutations) (Total: 6)

Transcript Level Haplotype Variants (Exon) (Total: 173)

Genebody Level Haplotype Variants (Intron) (Total: 232)

Annotation (Repeats)

Annotation (SNP Array)