Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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chr19:57253402	G G	A A	3	a0002 a0004 a0008 a0002 a0004 a0008	128	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(125): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02055.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02896.hp1 HG02970.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18950.hp1 NA18953.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp2 NA18962.hp2 NA18969.hp1 NA18973.hp2 NA18974.hp1 NA18978.hp2 NA18980.hp2 NA18985.hp1 NA18992.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19006.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19066.hp2 NA19068.hp1 NA19072.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19089.hp1 NA19090.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp2	missense_variant	MODERATE	c.583G>A c.583G>A	p.Val195Ile p.Val195Ile	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	843/10169	583/1884	195/627	chr19	57253402
chr19:57254446	G G	C C	1	a0003 a0003	12	HG01109.hp2 HG02451.hp1 HG02622.hp2 others(9): Show HG01109.hp2 HG02451.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp1 HG03486.hp2 HG03540.hp2 NA19043.hp1 NA19043.hp2 NA20300.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1627G>C c.1627G>C	p.Glu543Gln p.Glu543Gln	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1887/10169	1627/1884	543/627	chr19	57254446
chr19:57254509	A A	G G	1	a0005 a0005	3	HG01069.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01069.hp2 HG01167.hp2 HG01169.hp2	missense_variant	MODERATE	c.1690A>G c.1690A>G	p.Arg564Gly p.Arg564Gly	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1950/10169	1690/1884	564/627	chr19	57254509
chr19:57254518	A A	G G	1	a0009 a0009	1	HG02895.hp1 HG02895.hp1	missense_variant	MODERATE	c.1699A>G c.1699A>G	p.Ile567Val p.Ile567Val	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1959/10169	1699/1884	567/627	chr19	57254518

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chr19:57243976	C C	G G	1	a0008c0008 a0008c0008	1	HG01167.hp1 HG01167.hp1	synonymous_variant	LOW	c.84C>G c.84C>G	p.Gly28Gly p.Gly28Gly	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	2/4	344/10169	84/1884	28/627	chr19	57243976
chr19:57248681	C C	G G	1	a0001c0015 a0001c0015	1	HG03831.hp2 HG03831.hp2	synonymous_variant	LOW	c.234C>G c.234C>G	p.Leu78Leu p.Leu78Leu	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	3/4	494/10169	234/1884	78/627	chr19	57248681
chr19:57253560	G G	C C	1	a0001c0012 a0001c0012	1	NA18952.hp2 NA18952.hp2	synonymous_variant	LOW	c.741G>C c.741G>C	p.Leu247Leu p.Leu247Leu	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1001/10169	741/1884	247/627	chr19	57253560
chr19:57253950	G G	A A	1	a0001c0013 a0001c0013	1	HG02015.hp2 HG02015.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1131G>A c.1131G>A	p.Gly377Gly p.Gly377Gly	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1391/10169	1131/1884	377/627	chr19	57253950
chr19:57254064	A A	G G	4	a0002c0002 a0004c0004 a0006c0010 others(1): Show a0002c0002 a0004c0004 a0006c0010 a0008c0008	129	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(126): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00738.hp1 HG00741.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01099.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02055.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02145.hp1 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp2 HG02698.hp1 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02738.hp2 HG02896.hp1 HG02970.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03490.hp2 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03834.hp2 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp1 HG04115.hp1 HG04184.hp2 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp2 NA18944.hp2 NA18946.hp1 NA18947.hp2 NA18950.hp1 NA18953.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp2 NA18962.hp2 NA18969.hp1 NA18973.hp2 NA18974.hp1 NA18978.hp2 NA18980.hp2 NA18985.hp1 NA18992.hp2 NA18994.hp2 NA18995.hp2 NA18999.hp1 NA18999.hp2 NA19000.hp1 NA19006.hp2 NA19012.hp1 NA19012.hp2 NA19030.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19062.hp1 NA19063.hp2 NA19066.hp2 NA19068.hp1 NA19072.hp1 NA19080.hp2 NA19082.hp1 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19089.hp1 NA19090.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp2	synonymous_variant	LOW	c.1245A>G c.1245A>G	p.Lys415Lys p.Lys415Lys	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	1505/10169	1245/1884	415/627	chr19	57254064
chr19:57254667	A A	G G	1	a0009c0014 a0009c0014	1	HG02895.hp1 HG02895.hp1	synonymous_variant	LOW	c.1848A>G c.1848A>G	p.Thr616Thr p.Thr616Thr	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	2108/10169	1848/1884	616/627	chr19	57254667

chr:pos	ref	alt	# # of thapid:transcript level	thapids	# # of haplotypeids	haplotypeids	annotation	impact	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	pos
chr19:57240668	T T	G G	1	a0001c0001t0036 a0001c0001t0036	1	HG02109.hp1 HG02109.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-224T>G c.-224T>G	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	1/4	224		chr19	57240668
chr19:57240798	G G	A A	1	a0001c0001t0036 a0001c0001t0036	1	HG02109.hp1 HG02109.hp1	5_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.-94G>A c.-94G>A	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	1/4	94		chr19	57240798
chr19:57240855	C C	T T	1	a0002c0002t0035 a0002c0002t0035	2	HG00642.hp2 HG02071.hp2 HG00642.hp2 HG02071.hp2	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant	LOW	c.-37C>T c.-37C>T	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	1/4			chr19	57240855
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chr19:57254933	G G	A A	2	a0001c0001t0005 a0001c0001t0037 a0001c0001t0005 a0001c0001t0037	17	HG00280.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 others(14): Show HG00280.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp2 HG01261.hp1 HG01433.hp1 HG01516.hp2 HG01952.hp1 HG02129.hp2 HG02293.hp2 HG02572.hp2 HG02735.hp1 HG03041.hp1 NA18970.hp2 NA18983.hp2 NA19058.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.230G>A c.230G>A	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	230		chr19	57254933
chr19:57255012	T T	G G	1	a0002c0002t0038 a0002c0002t0038	1	NA18962.hp2 NA18962.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.309T>G c.309T>G	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	309		chr19	57255012
chr19:57255113	G G	T T	1	a0001c0001t0110 a0001c0001t0110	1	HG00140.hp2 HG00140.hp2	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.410G>T c.410G>T	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	410		chr19	57255113
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chr19:57255181	A A	T T	3	a0001c0001t0034 a0002c0002t0020 a0002c0002t0109 a0001c0001t0034 a0002c0002t0020 a0002c0002t0109	7	HG00140.hp1 HG00621.hp1 HG01070.hp2 others(4): Show HG00140.hp1 HG00621.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01175.hp1 HG01981.hp1 HG02074.hp1	3_prime_UTR_variant	MODIFIER	c.478A>T c.478A>T	ZNF805	ENSG00000204524.7	transcript	ENST00000414468.3	protein_coding	4/4	478		chr19	57255181
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ZNF805_chr19_57235632_57267728 Genic Haplotype Structure on iGV

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