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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
ABHD5_chr3_43685938_43727725	43721562	CAA CAA	C C	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02258.hp2 HG02559.hp2 HG02717.hp1 others(4): Show HG02258.hp2 HG02559.hp2 HG02717.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02970.hp1 NA19068.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0006 a0001c0001t0023 a0001c0001t0030 a0001c0001t0006 a0001c0001t0023 a0001c0001t0030	a0001c0001t0006g0030 a0001c0001t0006g0148 a0001c0001t0006g0149 others(3): Show a0001c0001t0006g0030 a0001c0001t0006g0148 a0001c0001t0006g0149 a0001c0001t0006g0150 a0001c0001t0023g0001 a0001c0001t0030g0151	7	286	0.0245	-2	c.30 others(13): Show c.3050_*3051delAA	ABHD5	ENSG00000011198.10	transcript	ENST00000644371.2	protein_coding	7/7	3050	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58254851	TAC TAC	T T	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00544.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp2 others(88): Show HG00544.hp2 HG00733.hp2 HG00738.hp2 HG01081.hp1 HG01109.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02074.hp1 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02257.hp1 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02622.hp1 HG02698.hp2 HG02717.hp1 HG02723.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02922.hp2 HG02976.hp1 HG03017.hp1 HG03041.hp1 HG03195.hp2 HG03209.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03710.hp1 HG03710.hp2 HG03942.hp1 HG04228.hp1 HG06807.hp1 NA18939.hp1 NA18939.hp2 NA18941.hp2 NA18944.hp1 NA18946.hp1 NA18947.hp1 NA18949.hp1 NA18954.hp1 NA18954.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp2 NA18964.hp1 NA18972.hp2 NA18978.hp1 NA18987.hp1 NA18997.hp1 NA19002.hp2 NA19006.hp1 NA19030.hp1 NA19043.hp1 NA19055.hp1 NA19065.hp2 NA19072.hp1 NA19074.hp2 NA19079.hp1 NA19080.hp1 NA19082.hp1 NA19084.hp1 NA19085.hp1 NA19087.hp2 NA19090.hp1 NA19090.hp2 NA20300.hp2 NA20805.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0002 a0004 a0001 a0002 a0004	a0001c0001 a0002c0002 a0004c0004 a0001c0001 a0002c0002 a0004c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0002c0002t0001 a0004c0004t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0011 others(85): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0157 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0178 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0180 a0001c0001t0001g0181 a0001c0001t0001g0182 a0001c0001t0001g0183 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0001g0199 a0001c0001t0001g0200 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0232 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0293 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0003g0057 a0001c0001t0007g0241 a0001c0001t0011g0027 a0001c0001t0012g0191 a0002c0002t0001g0006 a0004c0004t0001g0187	91	302	0.3013	-2	c.-25 others(19): Show c.-25-1679_-25-1678delCA	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ABHD6_chr3_58232792_58299734	58255462	CTT CTT	C C	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02717.hp2 others(4): Show HG02615.hp1 HG02622.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG03453.hp2 NA18906.hp1 NA19030.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0013	a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 others(4): Show a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0003g0255 a0001c0001t0008g0249 a0001c0001t0008g0254 a0001c0001t0013g0253	7	302	0.0232	-2	c.-25 others(19): Show c.-25-1083_-25-1082delTT	ABHD6	ENSG00000163686.15	transcript	ENST00000478253.6	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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