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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABCD4_chr14_74280269_74307934	74284106	C C	CTTTTT CTTTTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02486.hp2 HG02630.hp2 others(3): Show HG02258.hp1 HG02486.hp2 HG02630.hp2 HG02818.hp2 HG03516.hp1 HG06807.hp2	a0003 a0007 a0003 a0007	a0003c0003 a0007c0007 a0003c0003 a0007c0007	a0003c0003t0008 a0003c0003t0011 a0003c0003t0013 others(3): Show a0003c0003t0008 a0003c0003t0011 a0003c0003t0013 a0003c0003t0018 a0007c0007t0011 a0007c0007t0023	a0003c0003t0008g0125 a0003c0003t0011g0156 a0003c0003t0013g0136 others(3): Show a0003c0003t0008g0125 a0003c0003t0011g0156 a0003c0003t0013g0136 a0003c0003t0018g0124 a0007c0007t0011g0049 a0007c0007t0023g0048	6	384	0.0156	5	c.23 others(16): Show c.2354_*2355insAAAAA	ABCD4	ENSG00000119688.21	transcript	ENST00000356924.9	protein_coding		1162		chr14	TogoVar
ABCD4_chr14_74280269_74307934	74285110	T T	TAAGTA TAAGTA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 others(248): Show HG00140.hp1 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01099.hp1 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01884.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02040.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02074.hp1 HG02074.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 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